Śmierć Fałszywego Dmitrija nie powstrzymała kłopotów. Wojna domowa trwała, obejmując nowe ziemie, pojawili się nowi oszuści. W pierwszym miesiącu swoich rządów Wasilij Szujski musiał stłumić kilka prób występów moskiewskich niższych klas miejskich. W Moskwie obawiali się, że polski król Zygmunt rozpocznie wojnę o obalenie oszusta i pobicie Polaków. Dlatego z kilku tysięcy polskich gości i najemników Fałszywego Dymitra, którzy przeżyli powstanie majowe w Moskwie, zwolniono tylko plebejuszy, a szlachciców pozostawiono jako zakładników, dobrze utrzymanych i rozprowadzonych pod nadzorem w różnych miastach. Shuisky złamał dyplomatyczną etykietę, a nawet zatrzymał polską ambasadę Gonsevsky'ego w Moskwie.
Jednak te obawy poszły na marne. Sama Polska przeżywała ciężkie chwile. Polacy rozpoczęli wojnę ze Szwecją i odbili jej miasto Pernov (Pärnu) w Inflantach. Ponadto Kozacy zaporoscy pod wodzą hetmana Sagajdacznego przeprowadzili szereg udanych najazdów i splądrowali Kafę i Warnę. Rozzłościło to Turków i wypowiedzieli wojnę Rzeczypospolitej. Co prawda główne siły armii tureckiej wiązały się z wojną z Persją, a przeciwko Polsce wysłano wojska pomocnicze, a Polacy odparli atak. W samej Polsce niektórzy z magnatów niezadowolonych z polityki króla wzniecili furorę. Kraj ogarnęła wojna domowa. Dlatego Polacy nie mieli czasu na Moskwę.
Moskwa przeoczyła więc poważniejsze zagrożenie – wewnętrzne. W końcu problemy, które spowodowały Kłopoty, nie zostały rozwiązane. A zagrożenie zewnętrzne odegrało ważną, ale nie główną rolę. Prowincja była oburzona: Duma Bojarska wybrała cara bez koniecznego poparcia wszystkich ziem. Okazało się, że bojarzy zabili „dobrego cara” i przejęli władzę, przekazując tron „carowi bojarskiemu”. Prowincja kipiała: termin wyszukiwania zbiegów został wydłużony do 15 lat; żołnierze pamiętali hojne nagrody Fałszywego Dmitrija; mieszkańcy południa bali się represji i terroru (jak za Godunowa) za pomoc oszustowi; zaniepokojony Kozakami, którzy aktywnie wspierali kłamcę; Shuisky pozbył się zwolenników False Dmitry'ego, wysyłając ich z dala od stolicy, wielu wysłano na południowe kresy.
Latem 1606 r. spontaniczne powstania ogarnęły całe południe kraju, które poruszyły pogłoski o „zbawieniu dobrego cara Dymitra”. Ośrodkiem walki z nowym królem na Ziemi Północnej była „stolica” pierwszego oszusta – Putivla. Tu powstańczy mieszczanie, chłopi, wybrali na „wielkiego wodza” Iwana Bołotnikowa, który przybył do nich z oddziałem. Iwan Bolotnikow, zgodnie z najbardziej rozpowszechnioną wersją, był poddanym księcia Telyatevsky'ego. W młodości uciekł przed swoim panem na step do Kozaków, tu został schwytany przez Tatarów i sprzedany w niewolę Turkom. Spędził kilka lat w niewoli, na galerach jako wioślarz. Po nieudanej bitwie morskiej z chrześcijańskimi statkami dla Turków został zwolniony i udał się do Wenecji, gdzie mieszkał w niemieckim kompleksie handlowym. Stąd, słysząc opowieści o początku kłopotów w państwie rosyjskim, Bołotnikow przeniósł się przez Niemcy i Polskę do Rosji. Pogłoski o „cudownym zbawieniu” moskiewskiego cara Dmitrija ściągnęły Iwana do Sambora, gdzie ukrywał się moskiewski uciekinier Michaił Mołczanow, były sojusznik Fałszywego Dmitrija I. Mołczanowa, wraz ze swoją żoną Jurijem Mniszkiem Jadwigą i przedstawiał się jako król. Ten poszukiwacz przygód przedstawił się Bołotnikowowi jako car, który uciekł po zamachu majowym w Moskwie. Nowy oszust długo rozmawiał z Bolotnikowem, a następnie dostarczył mu list do księcia Grigorija Szachowskiego i wysłał go do Putiwla jako osobistego emisariusza i „wielkiego wojewody”.
W rzeczywistości wojna domowa weszła w aktywną fazę. Armia Bolotnikowa obejmowała główne majątki i grupy społeczne państwa rosyjskiego: chłopów i niewolników, kozaków Siewiersk, Terek, Wołga i Zaporoża, przedstawicieli szlachty. Ponadto powstanie poparli przedstawiciele arystokracji, m.in. książę Grigorij Szachowski i wojewoda czernihowski Andriej Teliatewski, były właściciel Bołotnikowa.
Latem 1606 r. 30 tys. Armia Bolotnikowa przeniosła się do Moskwy. Zdobyto twierdze Kromy i Yelets, których bogate arsenały uzupełniały rezerwy rebeliantów. Wojska rządowe pod dowództwem namiestników książąt Worotynskiego i Trubieckiego zostały pokonane pod Kromami i Jelcem. Wielu żołnierzy z wojsk carskich przeszło na stronę powstańców. Wykorzystując błędy carskich namiestników, rebelianci szybko posuwali się w kierunku Moskwy. Coraz więcej oddziałów zbuntowanych chłopów napływało do armii Bolotnikowa. Co więcej, w drodze do Moskwy do Bolotnikowa dołączyły duże oddziały szlachty służbowej, który sprzeciwiał się carowi bojarskiemu Szujskiemu. Starszy gubernator Riazań Prokopy Lapunow i młodszy - Grigorij Sumbułow, kierowali milicją Ryazan, streltsy centurion Istoma Paszkow - duży oddział ludzi służby. Tuła, Kashira, Kaługa, Możajsk, Wiazma, Władimir i Astrachań zbuntowali się. Nad Wołgą zbuntowali się Mordowianie i Mari (Cheremis), oblegli Niżny Nowogród.
Rebelianci w drodze do Moskwy zbliżyli się do Kołomny. W październiku 1606 r. Posad Kołomna została zajęta atakiem, ale Kreml nadal stawiał opór. Pozostawiając niewielką część swoich sił w Kołomnie, Bołotnikow skierował się drogą Kołomną do Moskwy. We wsi Troitskoye w okręgu kołomienskim udało mu się pokonać wojska rządowe. 22 października armia Bołotnikowa stacjonowała we wsi Kołomienskoje pod Moskwą. Tutaj zbudował więzienie (twierdzę) i zaczął wysyłać listy do Moskwy i różnych miast, wzywając do poparcia prawowitego suwerena Dmitrija Iwanowicza i podburzając pokrzywdzonych i biednych przeciwko bogatym. „Wszyscy, niewolnicy bojarzy, bijcie swoich bojarów, zabierajcie ich żony i cały ich majątek, majątki i majątki! Będziecie szlachetnymi ludźmi, a wy, których nazywano szpiegami i bezimiennymi, zabijajcie gości i kupców, podzielcie między siebie ich brzuchy! Byłeś ostatni - teraz otrzymasz bojarów, przewrotność, województwo! Pocałuj cały krzyż prawowitemu władcy Dmitrijowi Iwanowiczowi!” Dlatego ścieżce wojsk Bołotnikowa towarzyszyły straszliwe pogromy, ludzie reagowali przerażeniem na przerażenie, walczyli jak obcy (podobnie postępowały wojska carskie na terenach ogarniętych powstaniami).
Milicja Bołotnikowa nadal się rozrastała, wyróżniały się oddzielone oddziały, głównie od niewolników, którzy swoimi najazdami i rabunkami utrzymywali stolicę w stanie oblężenia. W listopadzie do Bolotnikowa dołączyli Kozacy Ileiki Muromca. Był kolejnym oszustem, podającym się za carewicza Piotra Fiodorowicza, który w rzeczywistości nigdy nie istniał jako syn cara Fiodora I Iwanowicza. Moskali byli już gotowi do posłuszeństwa Bołotnikowowi, prosząc tylko o pokazanie im carewicza Dymitra, a nawet rozpoczęli z nim negocjacje. Zachwycony Bolotnikow wysłał posłańców do Putivla. Na przykład niech „car” przyjdzie wcześniej, zwycięstwo jest bliskie. Ale Dmitry nigdy się nie pojawił. Wielu zaczęło wyrażać wątpliwości co do istnienia Dmitrija i przeszło na stronę Shuisky.
Tymczasem Shuisky nie siedział spokojnie i aktywnie przygotowywał się do kontrataku. Ufortyfikowano przedmieścia i osiedla Moskwy. Oddziały gubernatorów Skopina-Szujskiego, Golicyna i Tatewa osiedliły się przy bramie Serpuchowa, skąd obserwowały obóz wroga. Nawiązano komunikację między Moskwą a okolicznymi miastami, wojska strzegły dróg. W listopadzie przybyły posiłki z Tweru i Smoleńska, które w większości składały się ze szlachty i mieszczan. W tym samym czasie Shuisky aktywnie targował się ze szlachetną częścią zbuntowanego obozu. Lapunowowie i Paszkow nienawidzili Szujskiego, ale obawiali się zamieszek „motłochu”.
Armia Bolotnikowa rozrosła się do 100 tysięcy ludzi (jego oddziały działały na rozległym terytorium), ale jego walory bojowe spadły. Wśród buntowników było wielu niewolników, włóczęgów, chłopów, którzy nie mieli doświadczenia bojowego, byli słabo uzbrojeni i zorganizowani. Kozacy i szlachta - dwa bojowe rdzenie armii, byli pogardzani. Jednak również się sprzeciwiali. W rezultacie w armii Bolotnikowa nastąpił rozłam: jeden obóz składał się ze szlachty i dzieci bojarskich, drugi - niewolników, Kozaków i innych ludzi. Ci ostatni mieli na czele Iwana Bolotnikowa, ci drudzy – Istoma Paszkowa i bracia Lapunow. Między przywódcami powstały nieporozumienia, w wyniku czego najpierw Lapunowowie, a następnie Istoma Paszkow przeszli na stronę Szujskiego. Tymczasem Shuisky, gruntownie ufortyfikowana Moskwa, utworzyła nową armię z milicji innych miast. Ponadto Shuisky zwabił wielu szlachciców z obozu Bolotnikowa, obiecując im nagrodę i stopnie.
Widząc, że sytuacja się pogarsza, a siły Szujskiego rosły, Bolotnikow zdecydował się zaatakować. 26 listopada próbował zająć klasztor Simonow, ale został pokonany przez wojska carskie pod dowództwem młodego i utalentowanego dowódcy, siostrzeńca cara Michaiła Skopina-Szujskiego. W decydującym momencie bitwy duży szlachecki oddział Paszkowa opuścił obóz buntowników, co zadecydowało o wyniku bitwy na korzyść armii carskiej. Wojska Bołotnikowa okopały się w obozie Kołomna. Skopin-Shuisky rozpoczął oblężenie Bolotnikowitów i rozpoczął ostrzał. Car Wasilij próbował dojść do porozumienia z samym Bolotnikowem, obiecał wysoką rangę, ale przywódca rebeliantów odmówił pokoju. Po trzech dniach ostrzału artyleryjskiego pstrokata armia Bolotnikowa nie wytrzymała i uciekła. Część Kozaków zajęła wieś Zaborie, gdzie 2 grudnia buntownicy zostali ponownie rozbici. Kozacy Atamana Bezzubcewa przeszli na stronę Skopin-Shuisky. Car Wasilij wybaczył im. Resztę więźniów wziętych w walce lub podczas ucieczki powieszono lub ogłuszono pałkami, utopiono. Bolotnikov uciekł do Serpukhova, a następnie Kaługa, Ileika Muromets udała się do Tuły.
W ten sposób buntownikom nigdy nie udało się zdobyć stolicy. W decydującej bitwie Bolotnikowici zostali pokonani przez wojewodów carskich, co ułatwiła zdrada oddziałów szlacheckich, które przeszły na stronę cara Wasilija Szujskiego.
W Kałudze Bolotnikov zgromadził około 10 tysięcy osób. Był oblegany przez wojska carskie. Jednak głównym dowódcą był pozbawiony talentu brat cara Iwana Szujskiego. W rezultacie oblężenie Kaługi trwało od grudnia 1606 do maja 1607. Rebelianci bronili się umiejętnie i desperacko, odpierali ataki, dokonywali śmiałych wypadów, wyrządzając ogromne szkody wojskom carskim. Namiestnicy carscy postanowili spalić drewnianą warownię i po zmobilizowaniu okolicznych chłopów zaczęli dostarczać drewno na opał, którym wykładali mury. Jednak rebelianci odgadli ten plan i wysadzili „zamiatacz”, zabijając i okaleczając dużą liczbę carskich wojowników. W tym czasie inni buntownicy próbowali odblokować Kaługę, ale zostali pokonani. Tak więc oddział Miezeckiego, wysłany z Putivla przez Szachowskiego na ratunek Bolotnikowowi, został pokonany przez armię Iwana Romanowa nad rzeką. Vyrke.
Później oddziały Telyatevsky'ego i Pseudo-Peter próbowały przebić się do Bolotnikowa. 1 maja 1607 r. Kozacy dońscy i ukraińscy pokonali wojska carskie nad rzeką Pczelną. Korzystając z zamieszania wśród wojsk oblężniczych, Bołotnikow dokonał wypadu i pokonał carskich namiestników, którzy wycofali się, porzucając artylerię i tabor. Część wojsk carskich przeszła na stronę powstańców. Tylko pułk Skopina-Shuisky'ego wycofał się w idealnym porządku. Po tym Bolotnikov przeniósł się do Tuły, gdzie znajdowała się potężniejsza kamienna forteca i zjednoczył się z innymi oddziałami rebeliantów.
Następnie Bolotnikov rozpoczął 2. kampanię przeciwko Moskwie. Jednak car Wasilij nie siedział bezczynnie. Ogłoszono mobilizację ludzi „dantu” („hołd” - wojowników powołanych z mieszczan i społeczności chłopskich) w całym kraju i osobiście poprowadziła dużą armię, która powstawała w Serpukhovie. Stopniowo kruszyły się ośrodki powstania. Buntownicy zostali wyparci z Niżnego Nowogrodu. A. Golicyn pokonał Telyatevsky pod Kashirą. Pojawienie się nieznanego Piotra zamiast oczekiwanego „dobrego cara” Dymitra, który rozpętał postrach wobec przeciwników, ochłodziło wielu, zbuntowane miasta uspokoiły się, przyniosły wyznanie. W maju armia carska ruszyła w stronę powstańców. W kampanii brał udział sam car, a poszczególnymi pułkami dowodzili Michaił Skopin-Szujski, Piotr Urusow, Iwan Szujski, Michaił Turenin, Andriej Golicyn, Prokopy Lapunow i Fiodor Bułhakow.
Bolotnikowcy próbowali ominąć główne siły armii carskiej i udać się do Moskwy, ale omijając Kashirę, rebelianci spotkali flankę armii carskiej nad rzeką Wosmą. W dniach 5-7 czerwca 1607 r. miała miejsce bitwa. Bolotnikowici mieli przewagę w sile - 30-38 tysięcy żołnierzy. Jednak gubernator Tula zdradził Bolotnikowa i przy 4 tys. oddział przeszedł na stronę wojsk carskich. A oddziały Lapunowa z Riazań weszły na tyły armii Bolotnikowa. Wywołało to panikę wśród bolotnikowitów i wycofali się. Część oddziałów Bołotnikowa została odcięta i schwytana, więźniowie zostali straceni. Po bitwie pod Wosemskiem armia Bołotnikowa została odesłana z powrotem do Tuły.
Car Wasilij Szujski wysłał do Bołotnikowa kilka pułków dowodzonych przez Michaiła Skopina-Szujskiego. Na obrzeżach Tuły Bolotnikow postanowił walczyć nad rzeką Woronyą, buntownicy zamknęli się szeryfami i przez długi czas odpierali najazd carskiej kawalerii. Obie strony poniosły ciężkie straty. Jednak łucznicy wykonali manewr okrężny, bolotnikowici zachwiali się i uciekli, wielu zginęło podczas pościgu. Bolotnikov stracił w tych bitwach połowę swoich żołnierzy - około 20 tysięcy ludzi. Z resztą zamknął się w Tule. W ten sposób Bolotnikow poniósł decydującą porażkę i stracił inicjatywę strategiczną.
30 czerwca sam car Wasilij z główną armią zbliżył się do Tuły. Współcześni donosili, że armia carska liczyła 100-150 tys. osób. Bolotnikowa i „Carewicza Piotra” pozostało nie więcej niż 20 tysięcy osób. Broń oblężnicza zaczęła ostrzeliwać miasto z obu brzegów. Tuła miała jednak potężne fortyfikacje, a Bolotnikow pozostał z najskuteczniejszym rdzeniem rebeliantów. Dlatego oblężeni przetrwali do października 1607 roku. W początkowej fazie oblężenia obrońcy miasta wykonywali wypady i bronili się dzielnie. Wszelkie próby szturmowania miasta przez carskich namiestników okazały się nieskuteczne.
Następnie wojska carskie, na pomysł Murom, syna bojara Iwana Krowkowa, postanowiły zablokować rzekę Upu pod miastem zaporą, aby Tuła została zalana. Na prawym, bagnistym brzegu wzniesiono tamę wielkości około pół mili, która miała zapobiec wylewaniu rzeki na niziny podczas jesiennej powodzi, ale spowodować gwałtowny wzrost poziomu wody. Rzeczywiście, jesienna powódź całkowicie odcięła miasto od świata zewnętrznego, zamieniając je w bagnistą wyspę pośrodku całkowicie zalanej równiny. Uszkodzonych zostało wiele amunicji, a także zapasy zboża i soli przechowywane w piwnicach. Wkrótce w Tuli rozpoczął się straszliwy głód i epidemia, które zaostrzyły wewnętrzne sprzeczności wśród rebeliantów. Rebelianci próbowali wysadzić tamę, ale ten sam Kravkov ostrzegł Shuisky'ego i próba się nie powiodła.
Bolotnikov wysyłał posłańców do Michaiła Mołczanowa i Grigorija Szachowskiego więcej niż raz podczas oblężenia, ale bez powodzenia. A car Wasilij stanął w obliczu nowego zagrożenia. Pojawił się nowy oszust - Fałszywy Dmitrij II, któremu udało się już przejąć ziemię Severshchina, Briańsk i Verkhovskaya. Bolotnikowowi zaproponowano negocjacje w sprawie warunków kapitulacji miasta. Shuisky obiecał zachować wolność przywódcom i uczestnikom powstania. Osiągnięte porozumienie zostało przypieczętowane uroczystą przysięgą, a 10 października 1607 r. Tuła otworzyła swoje bramy dla armii carskiej.
Car Wasilij oszukał przywódców powstania. Shuisky pospiesznie ogłosił, że przebaczenie dotyczy tylko zwykłych „więźniów Tulli”, a nie przywódców powstania. Tulakom naprawdę ułaskawiono, zbuntowana szlachta uciekła z wygnaniami. Szachowski był tonsurą mnicha. "Carewicz Piotr" został powieszony. Bolotnikow został wysłany do Kargopola i potajemnie utonął. Do miast wysłano wielu zwykłych buntowników, a tych, którzy wylądowali w Moskwie, bez hałasu i kurzu, uduszono.
W ten sposób rząd moskiewski wygasił wojnę chłopską, mobilizując praktycznie wszystkie rezerwy i odpowiadając terrorem na terror. Jednak Shuisky, rozwiązawszy większość armii i sądząc, że zamieszanie dobiega końca, przeliczył się. Wszystko dopiero się zaczynało. Pojawił się drugi Fałszywy Dmitrij, do którego dołączyły resztki bolotnikowitów. Polska znów stała się aktywna.
