Wojenną kwaterę Napoleona zbudowano z czterech autonomicznych zespołów, zorganizowanych tak, aby cesarz mógł swobodnie przemieszczać się z miejsca na miejsce i swobodnie pracować w terenie, niezależnie od okoliczności.
Pierwsza drużyna, tzw. „lekka służba”, liczyła 60 mułów lub jucznych koni. Usługa ta miała zapewnić swobodę poruszania się w trudnym terenie i w terenie. Muły, szczególnie przydatne w górach, przewoziły 4 lekkie namioty, 2 małe łóżka polowe, 6 kompletów sztućców i biurko Napoleona. Kolejnych 17 koni przeznaczono dla służby: wagenmeistera, kierownika służby, 3 szambelanów, 2 kamerdynerów, 4 lokajów, 3 kucharzy i 4 hodowców koni. Ponadto przewidziano jeszcze 2 lekkie powozy po 6 koni każdy do przewozu wszelkiego mienia. Niekiedy lekki dyżur dzielono na dwa konwoje, aby w dwóch różnych miejscach na rozległym polu bitwy rozstawić dla cesarza dwa obozy, aby po przejściu z jednej flanki na drugą mógł natychmiast rozpocząć pracę.
Drugi zespół został nazwany „służbą ekspedycyjną” i zajmował się transportem całego mienia obozu cesarskiego. Zapewniła Napoleonowi względny komfort życia i pracy, jeśli przebywał w tej samej okolicy przez kilka dni. Służba dysponowała 26 wozami i 160 końmi, które zostały rozdzielone w następujący sposób: lekki powóz do osobistego użytku cesarza, który pozwalał mu na dalekie podróże, 3 podobne powozy dla oficerów Kwatery Głównej, wóz z wyposażeniem i artykułami biurowymi Kwatery Głównej oraz 2 wózki z umeblowaniem sypialni. Był też wagon dla służby, 6 wagonów na prowiant, 5 wagonów z namiotami, wóz medyczny, wagon z dokumentami, wagon zapasowy, kuźnia polowa i 2 wagony z rzeczami osobistymi Napoleona.
Trzecia drużyna nazywała się „wielkim powozem” i składała się z 24 ciężkich wozów i 240 koni. Podążała za Wielką Armią znacznie wolniej niż dwie poprzednie i umożliwiała rozbudowę obozu cesarskiego na wypadek, gdyby Napoleon pozostawał w jakimś miejscu dłużej niż kilka dni, zwykle tygodniami. Bonaparte korzystał z usług tego dowództwa w Bois de Boulogne i na wyspie Lobau w kampanii 1809 r., a ponadto korzystał z tego dowództwa niezwykle rzadko. W skład konwoju „wielkiej załogi” wchodził słynny powóz Napoleona, zbudowany na specjalne zamówienie, aby cesarz mógł w nim wygodnie mieszkać i pracować razem ze swoim sekretarzem podczas długich podróży. Powóz stał się trofeum dla Prusaków wieczorem po bitwie pod Waterloo. Oprócz niej w pociągu znajdowały się inne wozy oficerskie i wozy dla sekretarek, powóz zapasowy, wozy z mapami, dokumentami, papeterią i garderobą, 8 wozów z prowiantem i zastawą stołową, dwa wozy z dobytkiem służby, kuźnia polowa i pomocnicza wózki.
Wreszcie czwarta drużyna składa się z koni wierzchowych, podzielonych na dwie „brygady” po 13 koni każda. Dwa z nich przeznaczone były dla Napoleona i po jednym dla wielkiej stajni, małej stajni, pazia, chirurga, zbieracza, Mameluka, trzech hodowców koni i przewodnika z miejscowej ludności. Napoleon osobiście prowadził rekonesans konny przed bitwą i przegląd wojsk znajdujących się w pobliżu jego Kwatery Głównej.
Zadania personelu Stawki w terenie były jasno określone i rygorystycznie wykonywane pod nadzorem oficerów dyżurnych. Służący nie pozostawiali niczego przypadkowi, ponieważ każdy błąd mógł mieć katastrofalne konsekwencje.
Każdy z koni wierzchowych Napoleona miał po dwa pistolety, które Mameluk Rustam Raza osobiście ładował każdego ranka w obecności wielkiej stajni. Każdego wieczoru rozładowywał oba pistolety, aby rano naładować je świeżym prochem i nowymi kulami. W deszczową pogodę opłaty zmieniano częściej, kilka razy dziennie. Rustam zawsze nosił przy sobie, na szerokim pasie, flaszkę wódki, a osiodłany zawsze nosił bułkę z cesarskim płaszczem - legendarnym - i surdut. W ten sposób Napoleon mógł szybko się zmienić, gdyby zmokł w ulewnym deszczu.
Obowiązkiem strony było noszenie ze sobą cesarskiego teleskopu przez cały czas - oczywiście utrzymywanie go w idealnym stanie. W swoich jukach zawsze miał komplet cesarskich szali i rękawiczek, a także podręczny zapas papieru, wosku, atramentu, długopisów i ołówków oraz kompas.
Picker niósł ze sobą zapas jedzenia i kolejną butelkę wódki. Osobisty chirurg Napoleona nosił osobistą torbę medyczną z zestawem narzędzi chirurgicznych, a lokaje nosili kłaczki (używane jako opatrunek przed wynalezieniem gazy), sól i eter do dezynfekcji ran, wódkę, butelkę Madery i zapasowe narzędzia chirurgiczne. Sam cesarz tylko raz potrzebował leczenia chirurgicznego: kiedy został ranny podczas oblężenia Ratyzbony, ale chirurg udzielał pomocy także oficerom świty Napoleona, którzy często ginęli lub odnieśli rany w obecności cesarza, jak to się zdarzało m.in. z Gerardem Durocem lub generałem François Josephem Kirgenerem.
W pełnej wersji kwatera główna Napoleona składała się z mieszkań Napoleona, mieszkań dla „wielkich oficerów”, czyli marszałków i generałów, mieszkań dla adiutantów cesarskich, mieszkań dla oficerów dyżurnych, mieszkań dla oficerów posłańców, strażników, kwatermistrzów i służby. Apartamenty cesarskie stanowiły kompleks namiotów, w których urządzono salon pierwszy i drugi, gabinet i sypialnię. Wszyscy musieli zmieścić się w jednym wózku. Rozłożenie namiotów na dwóch wozach groziło utratą lub opóźnieniem jednej z jednostek w wojennej zawierusze.
Apartamenty cesarskie znajdowały się w prostokącie o wymiarach 200 na 400 metrów, otoczonym łańcuchem strażników i pikiet. Do mieszkań można było wejść przez jedną z dwóch przeciwległych "bram". Mieszkaniami zarządzał szambelan („marszałek wielki dworu”). W nocy mieszkania rozpalały ogniska i latarnie. Przed namiotami cesarza zainstalowano latarnie. W jednym z ognisk zawsze było gorące jedzenie dla Napoleona i jego świty, aby mogli jeść o każdej porze dnia i nocy. Apartamenty szefa sztabu Napoleona, marszałka Ludwika Aleksandra Berthiera, znajdowały się 300 metrów od apartamentów cesarskich.
Do pilnowania Kwatery Głównej codziennie przydzielany był batalion wartowniczy z innego pułku. Pełnił służbę wartowniczą i eskortową. Oprócz niego, aby osobiście chronić Napoleona, w plutonie znajdowała się pikieta konna i pełna eskadra eskorty. Eskorta z reguły wyróżniała się spośród gajów konnych gwardii cesarskiej czy pułków ułanów, w których służyli Polacy i Holendrzy. Żołnierze batalionu wartowniczego musieli stale ładować broń. Kawalerzyści musieli trzymać konie pod siodłem, a pistolety i karabiny gotowe do strzału. Ich konie zawsze znajdowały się obok cesarskich koni. Eskadra eskortowa również musiała stale utrzymywać konie w pogotowiu, ale w nocy jej żołnierze mogli zdejmować uzdy z koni. Ogłowia zdejmowano godzinę przed wschodem słońca i zakładano godzinę po zachodzie słońca.
W ciągu dnia u cesarza przebywało stale dwóch adiutantów w randze generałów oraz połowa gońców i paziów. W nocy nie spał tylko jeden adiutant, który pełnił dyżur w drugiej kabinie. Musiał być gotowy w każdej chwili, aby przynieść cesarzowi mapy, przybory do pisania, kompas i inne przedmioty niezbędne do pracy sztabowej. Wszystko to odbywało się pod opieką najwyższego z niższych szeregów pikiety.
W pierwszym salonie w nocy dyżurowała połowa oficerów i paziów wraz z dowódcą pikiety. Żołnierzom z pikiet, z wyjątkiem jednego, pozwolono zsiąść z koni. Adiutant w randze generała posiadał listę wszystkich pełniących służbę. W służbie wszyscy oficerowie byli zobowiązani do trzymania koni pod siodłem, które były również z końmi Napoleona, aby oficerowie mogli natychmiast towarzyszyć cesarzowi. Mała stajnia odpowiadała na potrzeby chirurga Mameluka Rustama, paziów i pikiety. Był również odpowiedzialny za znalezienie przewodników od okolicznych mieszkańców. Z reguły takich przewodników po prostu łapali na szosie żołnierze szwadronu eskortowego, a także pilnowali, aby przewodnik nie uciekł.
Jeśli Napoleon wyjeżdżał powozem lub powozem, przydzielono mu eskortę konną w sile plutonu. Ta sama eskorta była dołączona do wozu z mapami i dokumentami. Wszystkie wozy musiały mieć załadowaną broń palną, aby personel mógł się bronić w przypadku niespodziewanego ataku.
Na polu bitwy lub podczas inspekcji wojsk Napoleonowi towarzyszył tylko jeden adiutant generalny, jeden z najwyższych oficerów sztabu, szambelan, dwóch gońców, dwóch adiutantów sztabowych i żołnierz gwardii. Reszta orszaku i eskorty Napoleona trzymała się z tyłu, w odległości 400 metrów na prawo od cesarza i przed „brygadą” koni cesarskich. Pozostali adiutanci sztabowi i sztab sztabu Berthiera stanowili trzecią grupę, która przesunęła się 400 m na lewo od Napoleona. W końcu różni asystenci cesarza i szefa sztabu pod dowództwem generała trzymali się za Napoleonem w odległości 1200 metrów. Miejsce konwoju zostało określone przez okoliczności. Na polu bitwy komunikacja między cesarzem a pozostałymi trzema grupami była utrzymywana przez posłańca.
Żołnierze napoleońscy wypracowali wobec swego wodza szczególny stosunek, nacechowany nie tylko szacunkiem, ale uwielbieniem i oddaniem. Ukształtował się wkrótce po zwycięskiej kampanii włoskiej w 1796 roku, kiedy starzy, wąsate weterani ochrzcili Bonapartego komicznym pseudonimem „Mały kapral”. Wieczorem po bitwie pod Montenotte sierżant grenadier Leon Ahn z 32. półbrygady liniowej ogłosił w imieniu wojsk:
"Obywatelu Bonaparte, kochasz sławę - damy ci ją!"
Przez ponad dwadzieścia lat, od oblężenia Tulonu do klęski pod Waterloo, Napoleon był blisko żołnierzy. Dorastał w środowisku wojskowym, znał kunszt wojenny, dzielił z żołnierzami niebezpieczeństwo, zimno, głód i trudy. Podczas oblężenia Tulonu, chwytając, by nie przerwać ognia, armatę z rąk zabitego artylerzysty, złapał świerzb – chorobę, na którą chorował co drugi żołnierz jego armii. W Arcole saper Dominique Mariolle podniósł na nogi Bonapartego, przewróconego w strumieniu Ariole przez rannego konia. W okolicach Ratyzbony został ranny w stopę. Pod Esslingiem tak zaniedbywał własne bezpieczeństwo i zbliżał się do pozycji wroga tak bardzo, że żołnierze odmawiali dalszej walki, chyba że wycofał się na bezpieczną odległość. I w tym akcie rozpaczliwego błagania wyrażono miłość żołnierzy do cesarza.
Za Lützena Napoleon osobiście poprowadził nietkniętą młodzież Młodej Gwardii do bitwy, a pod Arsy-sur-Aube celowo podjechał do miejsca, w którym spadł granat, który jednak nie wybuchł, aby pokazać żołnierzom, że „ diabeł nie jest taki straszny, jak go malują”. Pod Lodi i Montro sam kierował działami, co nie powinno dziwić – sam był zawodowym artylerzystą. To znaczy, nikt w Wielkiej Armii nie mógł mieć nawet cienia wątpliwości co do osobistej odwagi Napoleona i tego, że nawet w najtrudniejszych momentach bitwy umiał zachować niesamowity spokój. Oprócz niezaprzeczalnych talentów przywódczych w wojsku, to właśnie ta odwaga i opanowanie, a także zrozumienie mentalności zwykłego żołnierza, przyciągnęły do niego tysiące ludzi i zmusiły ich do lojalności wobec niego do końca. Bez tego duchowego związku między armią a jej naczelnym wodzem historyczne zwycięstwa broni francuskiej nie byłyby w zasadzie możliwe.
Napoleon przywiązywał do tego związku wielką wagę. Aby to utrzymać, nie zaniedbywał żadnych okazji, przede wszystkim parad i pokazów. Oprócz elementu rozrywkowego parady były dobrą okazją do utrwalenia przekonania, że osobiście dba o każdego żołnierza i potrafi ukarać zaniedbanych oficerów. Egzaminy, na które cesarz osobiście przystąpił, stały się trudnymi egzaminami dla dowódców i oficerów. Napoleon ostrożnie chodził po formacji za formacją, badał żołnierzy, zauważał braki w ich umundurowaniu i wyposażeniu. Równocześnie pytał o warunki życia w barakach, jakość wyżywienia, terminowość wypłat pensji, a także czy okazało się, że są wady, zwłaszcza z winy niedbalstwa, niedbalstwa lub, co gorsza, korupcja dowódców, a potem biada takim generałom lub oficerom. Ponadto Napoleon prowadził swoje dochodzenia skrupulatnie i kompetentnie. Wielokrotnie pytał o takie szczegóły, które mogłyby wydawać się nieistotne lub śmieszne, na przykład o wiek koni w eskadrze. W rzeczywistości mógł szybko ocenić skuteczność bojową jednostek i stopień świadomości oficerów.
Parady i pokazy stały się również dogodną okazją do publicznego wyrażenia zadowolenia. Jeśli pułk wyglądał brawo, jeśli nie zauważono oczywistych niedociągnięć, Napoleon nie skąpił pochwał i nagród. Od czasu do czasu wręczał kilka Krzyży Legii Honorowej lub kazał dowódcom sporządzić listy najbardziej uhonorowanych do awansu. Dla żołnierzy była to wygodna okazja, by błagać o nagrodę, jeśli uważali, że zasłużyli na „krzyż”, ale z tego czy innego powodu jej nie otrzymali. Żołnierze mocno wierzyli, że sami wymyślili taki „przebiegły plan”, by dotrzeć do samego cesarza przez głowy swoich dowódców, którzy z krzywdy lub z innych powodów opóźniali nagrody i awanse swoich podwładnych.
Ale mimo tak bliskości ze swoimi żołnierzami, pomimo tego, że dzielił z nimi wszystkie trudy kampanii wojennych, Napoleon zażądał, aby w jego Kwaterze obowiązywała prawdziwie dworska etykieta. Ani jeden marszałek czy generał, nie mówiąc już o niższych rangach, nie miał prawa nazywać go po imieniu. Wygląda na to, że pozwolono na to tylko marszałkowi Lannowi, a nawet wtedy tylko w nieformalnym otoczeniu. Ale nawet ci, którzy znali go ze szkoły wojskowej w Brienne lub z oblężenia Tulonu, tacy jak Junot czy szczególnie bliski Duroc, nie mogli liczyć na taką poufałość. Napoleon siedział przy tym samym stole z Buckle d'Albe, ale nikt nie miał prawa być z nim obecny bez zdjęcia nakrycia głowy. Nie można było sobie wyobrazić, że oficerowie Kwatery Głównej nie pilnowali ich wyglądu lub nie wydawali się przed cesarzem nieogoleni.
W kampaniach wojennych Napoleon nie oszczędzał się i tego samego wymagał od oficerów Kwatery Głównej. Wymagano od nich maksymalnego wysiłku i poświęcenia; każdy musiał być stale gotowy do służby i zadowolić się warunkami życia, które były w danej chwili dostępne. Każde niezadowolenie, marudzenie lub narzekanie na głód, zimno, jakość mieszkań czy brak rozrywki może się dla takich funkcjonariuszy źle skończyć. Zdarzało się oczywiście, że Kwatera pogrążyła się w luksusie, a oficerowie jedli do syta, pili i chodzili, ale znacznie częściej musieli zadowolić się grubą żywnością i bezpretensjonalnym łóżkiem na sianie, na drewnianej ławce, a nawet na ziemi pod gołym niebem. Podczas kampanii saskiej w 1813 r. hrabia Ludwik-Marie-Jacques-Almaric de Narbonne-Lara, były dworzanin Ludwika XVI i zaufany dyplomata Napoleona, człowiek tak skrupulatny w sprawach etykiety XVIII wieku, że każdego ranka zaczynał tego dnia pudrując swoją perukę, zrezygnowany spał na dwóch spiętrzonych krzesłach w biurze pełnym adiutantów, którzy ciągle krzątali się po okolicy.
Sam Napoleon niejednokrotnie dawał przykład swoim podwładnym i spał pod gołym niebem ze swoimi oficerami, choć orszak zawsze starał się zapewnić mu wygodniejsze warunki wypoczynku przed bitwami. Dużą wagę przywiązywał jednak do codziennych kąpieli, które naprawdę korzystnie wpływały na jego samopoczucie. Dlatego obowiązkiem służby z Kwatery Głównej było za wszelką cenę zdobyć gorącą wodę i napełnić ją przenośną miedzianą wanną. Napoleon był zadowolony z trzech lub czterech godzin snu. Poszedł spać wcześnie, przed północą, aby rano ze świeżym umysłem mógł zacząć dyktować rozkazy. Następnie przeczytał raporty z poprzedniego dnia, co pozwoliło mu na trzeźwą ocenę sytuacji.